Perioada bizantină

Cel mai vechi manuscris care a fost scris despre Mănăstire este datat la 1021-2 şi este o comandă/ordin a egumenului Atanasie (unul dintre cei trei fondatori ai ei), însă se găseşte astăzi în Muzeul Istoric al Moscovei. Manuscrisul cel mai vechi care a fost scris despre Mănăstire ce se păstrează în bibliotecă este un Tetraevanghel de la 1263 despre care se ştie doar că a fost scris pe timpul egumenului Arsenie.

O activitate specială bibliografică se observă în Mănăstire în secolele al XIV-lea şi al XV-lea. La începutul secolului al XV-lea lucrează primul codicograf vatopedin cunoscut, cu numele Calist, din mâna căruia provin multe codice, având în mod special conţinut patristic. Un secol mai târziu întâlnim pe Grigorie şi Filotei, care au copiat cărţi liturgice, probabil sub îndrumarea stareţului Ghenadie.

În aceeaşi perioadă mulţi voievozi oferă Mănăstirii Vatoped preţioase codice. La mijlocul secolului al XIV-lea, Mănăstirea primeşte o donaţie de 26 de manuscrise luxoase de la împăratul Ioan al VI-lea Cantacuzino, între care este cuprinsă şi o Evanghelie de la 1340-1 împodobită excepţional de către Mănăstirea Odigon din Constantinopol. Alte codice vor fi donate de către împăratul Andronic al II-lea Paleologul, despoţii Manuil şi Andronic Paleologul, Ioan Unglesi – domnitorul Serbiei – şi alţii.

Multe alte volume importante se pare că au fost încorporate în colecţie în această epocă, însă nu există elemente despre provenienţa lor. Astfel este codicele ce conţine Panegiricul împăratului Leon al VI-lea Înţeleptul din secolul al X-lea, codicele cu numărul 84 din secolul al IX-lea având conţinut aghiografic preţios şi, desigur, codicele ilustrate conţinând operele lui Ptolemeu şi Strabon şi Octateuhul.