Locul ocupat în Ierarhia Aghiorită

Începând cu secolul al XI-lea şi  până astăzi ierarhia aşezămintelor aghiorite constituie un element fundamental în organizarea vieţii athonite. Conform datelor din arhive, Vatoped a fost poziţionată ultima în ierarhie, însă datorită creşterii sale ca mărime, în jurul anului 1040, egumenul ei Atanasie semnează documentele de la Protaton (centrul administrativ al Sfântului Munte) imediat după reprezentantul Lavrei şi Ivironului. Această ascensiune este recunoscută oficial în Tipicul athonit al împăratului Constantin al IX-lea Monomahul (1045), la ordinele căruia este fixată poziţia distinctă a egumenului vatopedin între ceilalţi egumeni aghioriţi, pe care îi precede, cu excepţia aceluia de la Lavra. De la sfârşitul veacului al XI-lea, Vatopedul va începe să revendice şi cel dintâi loc al Lavrei, deşi în final va reveni pe locul trei, după Mănăstirea Iviron şi înaintea Amalfinonului, poziţie pe care o va păstra întreg veacul al XII-lea.

Totuşi, în 1287, anul în care Mănăstirii i s-a acordat şi titlul Împărătească, egumenul ei va adăuga semnăturii lui (chiar dacă acest lucru nu se va mai repeta în restul perioadei bizantine) şi calitatea Mănăstirii de a fi cea dintâi Lavră a Sfântului Munte, un indiciu al înaltei sale poziţii în ierarhia aghiorită, poate datorită mulţimii părinţilor nevoitori din ea, dar şi a strălucirii ei. În 1301, Andronic al II-lea Paleologul (1282-1328) consideră Vatopedul unul din primele aşezăminte aghiorite, în 1382 Mănăstirea  ajungând din nou pe cea de a doua poziţie, pe care se va menţine şi în veacurile următoare până în ziua de astăzi.