Cel care a pus bazele schitului a fost Patriarhul Ecumenic Athanasie Pattelarios, după căderea Constantinopolului sub turci, atunci când s-a retras în Sfântul Munte.
El a construit o chilie cu hramul Sfântului Antonie cel Mare, în apropiere de vechea Mănăstire athonită Xistrou, lângă capital Karyes.
În anul 1761, Patriarhul Ecumenic Serafim al II-lea a reconstruit chilia și i-a adăugat hramul Sfântului Apostol Andrei.
În anul 1841, Mănăstirea Vatopedi a dăruit Chilia Sfântului Antonie către doi monahi ruși, Visarion și Varsanufie.
În anul următor, 1842, cu ajutorul Țarului, cei doi monahi au început expansiunea Chiliei.
În anul 1849, Patriarhul Ecumenic Anthimos al VI-lea, în ciuda protestelor mănăstirii Vatopedi, ridică chilia la rang de Schit.
În 1867 a fost ridicat katholikonul actual, dedicate Sfântului Apostol Andrei, fiind sfințit abia la anul 1900 de către Patriarhul Ecumenic Ioachim al III-lea
Katholikonul Sfântului Andrei este cea mai mare biserică din Sfântul Munte și una dintre cele mai mari din întreg spațiul balcanic
Înainte de cel dintâi război mondial, numărul monahilor (ruși) ajunsese la aproape 800.
Revoluția bolșevică a inversat trendul, iar în anul 1971 a murit ultimul viețuitor al schitului, monahul rus Samson.
Schitul a rămas pustiu vreme de 20 de ani.
În 1992, cu binecuvântarea Mănăstirii Vatopedi, o nouă obște s-a așezat în schit, începând lucrări de restaurare a imenselor clădiri.
Actuala obște este condusă din anul 2001 de către Arhimandritul Efrem (al Schitului Sfântul Andrei).
Moaște ale Sfântului Ioan Botezătorul.
Soborul Sfinților Mucenici
